El municipio pertenece a la Agrupación Intermunicipal de Vinuesa-Molinos de Duero capitalizada en Vinuesa.
La secretaria es Ana Belén Hernández Sánchez.
Horario de secretaría y atención al público:
Martes, miércoles y viernes de 09:00 a 15:00 horas.
Periodicidad de los plenos: Trimestral
Molinos de Duero pertenece a la Mancomunidad de los 150 pueblos de la tierra de Soria y a la Mancomunidad de Molinos de Duero y Salduero.